やはりバグっているらしくて、WM_KEYDOWNでVK_BACKを送ってくるときに、Ctrlキーのキーステートをリセットしていないみたい。なので、Ctrl+BSで確定取り消しすると、アプリ側には、Ctrl+BSが取り消す文字数分送られることになってしまう。
なので、文字数分の単語削除がされてしまったということみたい。とりあえず、CEではIMEがOnの時にはCtrlの状態をを無視する（常に押されていないとみなす）ということにした。