そもそもContent-Typeがtext/*の場合、改行コードはCR/LFでなくてはいけないのですが、仮に単体でCRやLFが現われたらどうするべきでしょうか。仮にそのパートが添付ファイルで、それを保存するならばそのまま保存してしまっても良い気がします。表示する場合には、単体のCRとLFも改行として扱ってしまって良いかなと。
転送する場合にはどうでしょう。仮にContent-Transfer-Encodingが7bitで送られてきていた場合、自分が送信するときにSMTPサーバに拒否される可能性があります。そういう場合には、Content-TypeやContent-Transfer-Encodingは書き換えずに改行コードをCR/LFにするか、Content-Typeをapplication/octet-streamにContent-Transfer-Encodingをbase64に書き換えて改行コードはそのままで送るかですね。どの段階でチェックするべきかというあたりも考えるとなかなか難しいですね。