QsMLなどでよくある質問の一つが、「テンプレートが見つからないといわれました」というものだと思うのですが、テンプレート自体をリソースとしてバイナリに埋め込んでしまうのはどうでしょうか。起動時にテンプレートがちゃんとあるかどうかを確認して、なかったらリソースとして持っているバイナリから取り出してファイルにして置いておくと。実際に使うときに見つからなかったらリソースから取り出すという方法でもよいですが。バイナリが少しだけ大きくなってしまいますが、せいぜい5KB程度でしょうし。
試しに以下のテンプレートと設定ファイルをリソースに埋め込んで、起動時に存在しなかったらファイルに書き出すようにしてみました。