同期フィルタでスレッドを追跡できるような仕組みがあると面白いかもしれませんね。MLとかであるスレッドのトップにマークをつけておくと、そのスレッドのメッセージは本文もダウンロードするとかいう設定が出来るという感じで。マークとマクロを駆使すれば、今の実装でも多分できますが、パフォーマンスが悪そうです。
やはり、Message-Idからメッセージを特定する仕組みがあったほうが良いのかもしれませんね。メモリ使用量とのバランスが難しいところですが。小さいデバイスを考えないならば、インデックスをRDBに入れてしまうのが一番良いのだと思うのですが、プラットフォームごとにファイル形式が変わるのは避けたいところだし難しいところです。JavaのHSQLDBのような軽くて小さいマルチプラットフォームなRDBエンジンってないでしょうかね。