VCのコンパイラには依存関係を生成してくれるオプションが無いので（VC7にはあるらしいですけど、持ってないので未確認）、依存関係の自動生成は諦めていたのですが、gccの-MMと-nostdincを使って警告を無視すれば上手く行くことが分かったので、そうするようにしてみました。
依存関係をmakefileに取り込むのは、この辺を参考に。