この前、メインウィンドウが消えた後に書き込みが行われないようにするために色々いじったのですが、そうしたら幾つかの設定が保存されなくなってしまっているのを発見。
ウィンドウの配置などはWM_DESTROYが来たときに保存するようになっていたのですが、DestroyWindowする前に各ウィンドウを巡って必要なものは保存するようにしました。