AutoCommitの件はDBIを0.0.18にしたらエラーが起きなくなりました。しかし、このとき本当にAutoCommitがfalseで動いているんでしょうか。この問題もあるのでしばらくは0.0.18で使ってみることにします。AutoCommitをfalseにすると複数の投稿が同時にされたときに問題が発生するようですし。
Message-IdとReferenceの件はタイムゾーン関係のようです。サーバの設定の問題でしょうか。
いまいち安定しないのは、mod_layoutが原因ではないかという話が、tDiary界隈から。。ちなみに、IgnoreLayoutURIはLayoutIgnoreURIの間違いですね。最初、Googleで検索してみてもこの話題しか出てこなかったので何かと思いました。