/etc/apt/sources.listに以下の行を追加してからapt-getでインストールできます。
deb http://people.debian.org/~cjwatson/subversion-woody ./
apt-get update apt-get install subversion
今まではWindows上にレポジトリを置いて、外部からはsvn+sshをsshでトンネリングしていましたが、やたら遅かったり（これはしょうがない気がしますが）、途中で止まったり（どうも、cygwinのsshdが怪しい気が）するので、Linux上に移しました。
svn+sshをcygwin上でやろうとするとソースからコンパイルする必要があったので、面倒がなくなったのも良いところです。