cygwinをアップデートしたらパス周りが上手く動かなくなったので調べてみたところ、cygwinのbashからプロセスを作成した場合にPATHをcygwin形式からWindows形式に変換してくれるようになったのが原因のようです。昔からそれっぽい動きをしていた気がしますが、いまいち良くわからなかったので自前でcygpathを使って書き換えていたのですが、それをしないようにしたら上手く行くようになりました。
検索を入れたので、あとは検索フォルダの作成周りだけやったら2.9.5をリリースする予定です。RESOLVEDになっているレポートを確認していただけたらVERIFIEDにしていただけると助かります。