IDが0のフォルダがデフォルトで作成されてしまうというバグが発見されました。IDが0だと子フォルダを作成しても次回起動時には子フォルダでなくなってしまうとか、検索対象フォルダとして指定しても次回起動時に全てのフォルダが対象になってしまうなどの問題があります。
デフォルトでは作成しなくしますが、既にある分に関しては手で修正してください。手順としては、.foldersを開いてIDが0のフォルダに1以上の使われていないIDを付け直し、000.msglistのファイル名をIDにあわせて変えてください。ファイル名は16進数であることに注意してください。例えば15に書き換えた場合には00f.msglistになります。また、.viewを開いて"Folder0"というところも書き換えておくとフォルダの表示形式も引き継がれます（上の例ならば"Folder15"に書き換えます）。バックアップをお忘れなく。
このやり方で不安な場合には、全てのフォルダのメッセージを一回エクスポートしてから、アカウントを作り直してインポートしてください。