設定ファイルのファイル名が変更になったので、ドキュメントをアップデートする必要がでてきました。設定ファイル名がページ名になっているので、ページ自体のリネームをする必要があります。
そこで、FSWikiを3.5.1にアップデートしてみました*1。3.5.1からリネームプラグインがサポートされているので、リンク元なども一括して書き換えてくれるのかと思って試してみたところ、そういうことはしてくれないようで単にページの名前が変わるだけのようです。
*1 最初、wiki.cgiだけ古いままになってしまってうまくログインできなくなってしまい、ちょっと焦りました^^;