みんみんさんのコメントで思い出したのですが、以前試したときにコマンドライン引数での指定だと調子が悪かったことを思い出しました。というのはショートカットの実行ファイル指定で相対パスを指定できない(UIから指定すると絶対パスに展開されてしまう)ので、結局バイナリのあるドライブレターが変わったりするとうまくいかなかった記憶があるのです。
と考えると、残る方法としては、
くらいでしょうか。しかしバイナリと同じところにqmail.iniを置くとすると、どの環境でも同じファイルを読むことになるので、プロファイルを指定できても意味がないですね。