SMPやHTなPCだとWin-TAPのドライバが時々ハングってしまう（ホストごとお亡くなりになってしまう）ので、brigedにしてみました。
default.colinux.xmlのネットワークの設定を以下のように変更します。
<network index="0" name="Intel(R) PRO/100 VE Network Connection" type="bridged"></network>
coLinuxのインストーラがWinPcapも入れていたのでこれだけでよいのかと思ったら、colinux-bridged-net-daemon.exeが直ぐに死んでしまうようで、ネットワークが繋がりません。ここからWinPcapを別途インストールしたらうまくいったようです。
bridgedを使うようにしてみましたが、ブート時やシャットダウン時にハングってしまうことがあります。しかも、死ぬときはホストのWindowsも道連れで（仕組み的に仕方ないところではありますが）。やはりHTが鬼門なんでしょうか。
ちょうどまったく同じ症状の報告がMLに流れたのですが、それに対してimagecfg.exeでひとつのプロセッサにバインドしてしまえば良いというレスポンスが出ていたので試してみました。今のところうまく動いているようです。
カーネルを自前でビルドしてみました。ソースパッケージのdoc/buildingに書いてある通りにやってうまく行きました。
カーネルソースをダウンロードして展開してから、ソースパッケージに含まれるパッチをあてて、linux-configを.configにコピーしてから、
make oldconfig dep vmlinux modules
でビルドできます（その前にgccとかmakeとかlibc-devとかのパッケージを入れる必要がありますが）。出来上がったらモジュールは普通に、
make modules_install
でインストールし、vmlinuxはホスト側にコピーしてきて元々あるものと入れ替えます（もしくは、ファイル名を変えて、そのファイル名をdefault.colinux.xmlの中で指定します）。
で、無事ブートしました。モジュール関係がインストールされたので起動時にモジュールのディレクトリが見つからないと言われなくなりました*1
*1 これはインストールされたvmlinux-modules.tar.gzをちゃんと展開すれば良かっただけなのですが、配布されているDebian-3.0r0.ext3.1gbには含まれていなかったのです