BTS:580で提案のあった新着メールがあったときにタスクトレイにアイコンを出すというのを実装しました。アイコンをクリックすると新着メールのリストがメニューで表示され、そこからメッセージを読むことも出来ます。
基本的には自動新着メールチェックの時用ですが、手動で同期した時にもリストに追加することもできます。正規表現でリストに追加するかどうかのフィルタがかけられるので、うまくやるとそこそこ便利かもしれません。詳細は、BTS:580をどうぞ。