というわけで実装してみました。*.msglistの方は今まで一メッセージあたり36バイトだったのが40バイトになりました。cache.boxの方は中に入っているデータによってサイズの増え方が変わりますが、私の環境で3万通くらいのアカウントで調べてみたところ、6Mバイトくらいだったのが9Mバイトくらいになりました。
スピード的には速くなっていますが、Windows環境だとcache.boxがディスクキャッシュに載っているかどうかの方がはるかに影響を与えている感じです。cache.boxのサイズのことを考えるとUTF-8の方が良いかなという気もしますが微妙なところですね。
ちなみに*.msglistは*.idxに（ついでに16進はやめて10進に）、cache.box（とcache.map）はindex.box（とindex.map）に名前を変えました。
データのコンバータも書かなくてはいけないですね。
Windows上で動作するメールサーバで、
の機能があるようです（そのほかにも色々機能はあるようです）。
今のfetchmail + Postfix + courier-imapという環境をまとめて面倒見れそうです。
From メール環境の整備