■ [Q3] PGP (5)

GnuPGでクリア署名をした場合には、デフォルトだと署名部分は-----BEGIN PGP SIGNATURE-----になり、--rfc1991を付けると-----BEGIN PGP MESSAGE-----になるようです。世の中を見渡すとPGP/MIMEの場合でも署名パートは-----BEGIN PGP SIGNATURE-----になっているものが多いようです。

■ [Q3] PGP (6)

GnuPGの--passphrase-fdですが、ソースを見ると、0を指定して標準入力から渡しても、次の行からをメッセージだと解釈してくれるようです。なので、

(echo passphrase && cat test.txt) | gpg --batch --clearsign -a --passphrase-fd 0

のようにすればパスフレーズ用にパイプを作らなくてもバッチ的に処理できそうです。