IMAPサーバ上に置くといえば、設定ファイル類もIMAPサーバ上に置きたいと思うこともあります。これはいくつかのクライアントではサポートされているようです。
IMAPサーバ上に置かないで、Subversionを使ってサーバ上で管理するというのもいろいろな面で良いのですが、チェックインし忘れるとどうしようもないというのが難点です。
WebDAVがもう少し下のレイヤでサポートされていると、そこにのせるというのも有りなのですが、パフォーマンス的に難しいでしょうか。