スタブのmapi32.dllがどのMAPIプロバイダのDLLを呼び出すかなどの説明があります。
それによると、特定のMAPIプロバイダを強制的にロードしたい場合には、HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows Messaging Subsystem\MSMapiAppsの下にEXEかDLLの名前を書いて、ロードしたいMAPIプロバイダのメールクライアント名を書いておけば良いようです。例えば以下のようにしておくと常にOutlookが使われるという感じでしょうか。
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows Messaging Subsystem\MSMapiApps q3u.exe="Microsoft Outlook"
このレジストリキーを使うようにしてスタブのmapi32.dllを使うようにした方が良いかもしれません。
Gmailに繋がらないというツッコミがらみで調べてみたところ、ca.pemが大きいと（？*1）、SSLでの接続が失敗します。opensslのs_clientコマンドで試しても同じ結果なのでQMAIL3の呼び出し方の問題ではなさそうです。試しに0.9.7cから0.9.7eまで試してみましたがすべてだめでした。しかし、cygwinのopensslだと問題なく接続できます。
今まで気づかなかったのですが、0.9.7eが出ていたのでバイナリもアップデートしないといけませんね。
まだ実験段階のようですが、POPFileのIMAP4モジュールがあるようです。bsfilterのIMAP4対応と同様、クライアントとしてIMAP4サーバに接続し、適宜振り分けてくれるようです。さらに他のメーラからspamフォルダへ出し入れすると自動的に学習してくれるというのは便利そうです。
*1 細かい発生状況はまだ良くわかりません
面白そうなもの見つけました。
その名も OutlookSpy。
さらっとしか見てないのでちゃんと使えるものかどうか分からないのですが一応 URL 書いときますね。
http://www.dimastr.com/outspy/
# これがもし Spyware だったら何でも調べられちゃいそうですね〜
OutlookSpyを使うとデータ構造はわかるのですが、必要なデータを取得するためのエントリIDを取得するポータブルな方法はわからないんですよね。
去年（かな？）、MAPI周りをいじったときに入れたので、今インストールしなおしても期限切れで使えないのではないかと思われます。