今のベイジアンフィルタはJunkメッセージの振り分けにしか使えませんが、ユーザフラグと連動させて学習させると面白いかも知れません。
例えば、User1フラグを重要という意味で使用すると決めて、重要なメッセージにUser1フラグを立てます。その時、同時にフィルタに学習させます。そうやっていくと、受信した時に重要かどうかを判定して重要だと判定されるとUser1フラグが自動的に立つというような感じです。
流量の多い英語のMLなどだとすべてのメッセージを読むのは不可能に近いですが、面白そうなメッセージを読んでフラグを立てていくと、そのうち受信したメッセージ中で面白そうなものに自動的にフラグが立つようになるわけで、うまく働けばなかなか便利なのではないかと思います。