RebarをCCS_TOPを使って配置するとクライアントエリアの上端との間に2ピクセルの隙間が空くようです。それより下の部分をRebarの高さだけを考慮して配置していたので、下の部分がめり込んでしまっていました。
しかし、デフォルトのテーマでRebarを配置するとグラデーションがかかってしまって、メインウィンドウはともかくメッセージビューやエディットビューではなんだか変に見えますね。特にメニューバーにはグラデーションがかからないので余計変に見えるのかもしれません。