さらに調べを進めてみると、そもそもリソースからmenus.xmlなどをファイルとして書き出したときにすでに化けていることがわかりました。そして、試しにメールボックスをメインメモリに置くと問題がなく、CFにおいた場合だけ問題が発生していました。
単にCFが壊れている？