今まで左CtrlとCaps Lockを入れ替えて使っていたのですが、いずれにしてもCaps Lockは使わないので、Caps Lockを左Ctrlに割り当て、左CtrlをWindowsに割り当て、右CtrlをCaps Lockに割り当ててみました*1。
Windows Registry Editor Version 5.00 [HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout] "Scancode Map"=hex:00,00,00,00,00,00,00,00,04,00,00,00,1d,00,3a,00,5b,e0,1d,00,\ 3a,00,1d,e0,00,00,00,00
Windowsキー単独で使うことはほぼないですが、Windows+E,R,Lあたりはそこそこ使うので多少便利になったかもしれません。
*1 右AltはIME起動用