検証時のコマンドは、
gpg.exe --verify --verify-options show-uid-validity --batch --no-tty --status-fd 2 gpg.exe --list-key --with-colon --fixed-list-mode --batch --no-tty <フィンガープリント>
という感じになりました。今までは、検証した時に通知されるプライマリユーザIDがFromかSenderのアドレスにマッチした場合には、--list-keyをしなかったのですが、必ずするようになります。
検証に失敗したらステータスバーの×マークをクリックすると標準エラー出力の内容が見れますので、そこで確認できます。このとき、ユーザIDの有効性が不十分で検証に失敗した場合に、簡単に理由を知ることができるようにするために、--verify-options show-uid-validityを付けるようにしました。このため、GnuPG 1.2系ではエラーになるようになったのではないかと思います。