やはりANSI版だと問題があったので直しました。UNICODE版では普通に「¥」が入ったファイル名として保存されます。
こんな感じで添付ファイルのファイル名に0xA5を入れると発生します。
MIME-Version: 1.0 Content-Type: multipart/mixed; boundary=__boundary-200511161529157072220__ --__boundary-200511161529157072220__ Content-Type: text/plain Test --__boundary-200511161529157072220__ Content-Type: text/plain Content-Disposition: attachment; filename="=?utf-8?B?Li7CpS4uwqV0ZXN0LnR4dA==?=" Test --__boundary-200511161529157072220__--
Unicode Bugの件を調べていたら、添付ファイルのファイル名が常にデフォルトの文字コードでエンコードされていたので、文字コードが指定された場合にはその文字コードでエンコードするように直しました。
ついでに、qmail.xmlでRFC2231でエンコードする機能を有効にするオプションを付けました*1。Global/RFC2231を1にするとRFC2231でエンコードするようになります。RFC2231のサポート度（少なくともデコードできる）ってどんなもんなんでしょう。
*1 元から機能はあったのですが有効にする方法がありませんでした
Becky! 2 は RFC2231 をフルサポートしてますよ。
Outlook 系がサポートしていないので使いどころが難しいですが。
オンラインソフト系はサポートしているソフトも多いですね。OutlookやOutlook Expressがサポートしていないことを考えると、デフォルトでRFC2231でのエンコードを有効にしてしまうのはまだ時期尚早でしょうか。