2003/11のPlatform SDKがVC6をサポートする最後のSDKということになっていますが、試しに表題の組み合わせでビルドしてみました。その結果、Platform SDKに含まれるライブラリのデバッグ情報が新しいためにVC6のリンカで扱えないという問題がありました。試しに、x64用のディレクトリにあるlink.exe（と必要なDLL）を使ってみたところ問題なくリンクできるようです。