QMAIL3でも、HTML表示でスクリプトの実行を許可している場合(RSSアカウントではデフォルトで許可)に、問題が発生する可能性がありますね。とりあえずの対策としては、文字化けしていても安易に手動でエンコードを指定しないというところでしょうか。
リンク先では手動でシンボリックリンクを張っていますが、
a2enmod cgi
でもOK。いずれにしてもCGIを使うには、cgiモジュールを有効にする必要があります。それに気づかず時間取られまくり…