トップページからリンク元とコメントをはずしたことで負荷が大幅に下がりました。主にリンク元の表示をしていて、ログが大きくなってしまっていたことが原因だったようです。cronで適当にログをローテートさせればリンク元を表示しても大丈夫そうですが、それまでははずしておきます。