C:\Documents and Settings\<username>\Subversion\ca.pemにCAの証明書を置いて、C:\Documents and Settings\<username>\Subversion\serversに、
[global] ssl-authority-files = C:\Documents and Settings\<username>\Subversion\ca.pem
を追加します*1。
古いバージョン*2からアップデートしたクライアントだとデフォルトのserversの中でセクション名まですべてコメントアウトされているので注意が必要です。
svn: C:\Documents and Settings\<username>\Application Data\Subversion\servers:76: Section header expected
というエラーが出たらこの問題だと思われます。