W-ZERO3で二重起動してしまうという話があるようです。体系だったレポートが無いので想像ですが、メールボックスをSDカードに置いておくと電源を切ったときにファイルハンドルが閉じられてしまうことによってロックが外れてしまうのが原因ではないかと思われます。
QMAIL3はメールボックスさえ違えば複数起動できるように作ってあるのですが、Windows CE版で複数起動することはほぼないと思われるので、普通にMutexで二重起動を防止するようにしてしまいました。おそらくこれで何とかなったのではないかと思います。
しかし、電源を切るとファイルハンドルが閉じられてしまうということは、起動しっぱなしで*1電源を切ると他のところでもトラブルが出まくりそうな予感がします。持ってないので試せませんが…
*1 特にQMAIL3が前面にいるときに