1メッセージ1ファイルの場合には1000ファイルごとにディレクトリを作って入れているのですが、一度作られたディレクトリが削除されることはありませんでした。大量のメッセージの追加と削除を繰り返すと空のディレクトリが残ってしまうので、メンテナンスで整理するときに空のディレクトリは削除するようにしました。
ちなみに、普段使っているRSSアカウントではディレクトリが00000237までありました。延べ23万7千エントリを受信したということですか…