自動振り分けの設定に[既存のメッセージも振り分ける]というのを追加し、チェックされていたら同期したフォルダの既存のメッセージも振り分けるようにしてみました。振り分け条件で既存のメッセージか新着のメッセージかを判定するには、@Newを使用します。UIで指定する場合には、「新着」と「既存」という条件を追加してありますのでそちらを使用することもできます。
CancelSynchronousIoを使うと同期I/Oもキャンセルできるようになるそうです。