昨日の32MBの話などは、Windows CE .NETの高度なメモリ管理に結構詳しく書いてあります。
DLLのロードのくだりあたりを読んでいると、QMAIL3とNetFrontが相性が悪いらしい*1というのは、DLLをロードする領域にフラグメントが発生してしまって、大きなDLLをロードできなくなってしまうからではないかとも思えます。
*1 一度QMAIL3を起動するとソフトリセットするまでNetFrontが起動しなくなるらしい