そう簡単ではなかったようで、Windows XPの場合、WS_EX_TRANSPARENTを付けないとWM_MOUSEWHEELが正しく処理できないようです。TTM_ADDTOOLするときにTTF_TRANSPARENTを指定すると、ツールチップをクリックした場合などにはツールチップが消えてイベントは下のウィンドウに転送されますが、WM_MOUSEWHEELは転送されません。なので、マウスカーソルの直下にツールチップを出すと、ホイールを回してもイベントがツールチップに奪われてしまってスクロールしなくなってしまいます。WS_EX_TRANSPARENTを指定するとホイールを回したときにもツールチップが消えて下のウィンドウにメッセージが転送されるようになります。
バージョンを判定するときにはGetVersionExを使って判定するのではなくて、VerifyVersionInfoを使う方が推奨されているようです。使い方が結構面倒なのですが、Verifying the System Versionが参考になります。