ダイアログのシステムメニューを無効化しておけば、Alt+F4でのWM_SYSCOMMAND(SC_CLOSE)が来なくなると思っていたのですが、来るようです。おかげで同期ダイアログを閉じることができてしまい、そうするとクラッシュしてしまいます（同期ダイアログは最初に作ったら後は隠すだけで破棄せずに使いまわしているため）。
仕方が無いので明示的にWM_SYSCOMMANDのSC_CLOSEを無視するようにして閉じないようにしました。閉じる代わりに隠すようにしても良いかなとも思うのですが、何かしっくりこないのでとりあえず無視するということで。