なぜか、C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 8\VC\vcpackagesをパスに追加したらVista SDKでもビルドが通るようになりました。追加しないと、時々cl.exeが5を返すという良く分からないことになります。謎です。もしかしたらCygwin側の問題なのかも知れません。
というわけで、今日のNighlty BuildからVS2005SP1 + Vista SDKでビルドするようにしてみました。早速、Windows 9x版とx64版が失敗しています。Windows 9x系はVista SDKではサポートされなくなった（Windows 2000も対象外、だけどビルドはできる）ので、こちらは古いSDKを使うようにするしかなさそうです。x64版は、ディレクトリの名前がamd64からx64に変わっていたのと、bufferoverflowu.libが無くなった（入っていたシンボルは、CRTに移動したのでしょう）ところを直せば通るようになったようです。