HTMLを表示するときには、Content-Typeのcharsetで指定されている文字コード（またはユーザが指定した文字コード）からutf-8に変換してHTMLコントロールに渡しているのですが、Pocket PCではHTML中のMETAタグで文字コードが指定されているとBOMをつけた場合でもそちらが優先されてしまうようです。
仕方が無いので、METAタグを探して置き換えるようにしました。