長らく4系を使っていたSTLportを5.1.3に更新しました。Windows CE系のサポートも以前に比べるとすごく良くなっていていろいろとパッチを当てなくてもそのまま使えそうです。
4系ではnode_allocがインラインだったので、STLportで__node_allocを共有で書いたようにひとつのDLLからエクスポートするようにしていたのですが、5系ではstlport.5.1.dllからエクスポートされるようになっていました。その代わり、iostreamやlocale周りが入ったSTLport自体をビルドする必要があって、_STLP_NO_IOSTREAMSを指定すると自動的にnode_allocではなくてnewが使われるようになりました。
node_allocを使わないとだいぶ遅いので、STLport自体をビルドしてstlport.5.1.dllも配布するようにします。