起動直後に終了してしまうのは原因がわかりました。初回起動時には、必要なファイルをリソースからメールボックスディレクトリにコピーするのですが、ここでエラーになって終了してしまっていました。具体的には、FindResourceではリソースハンドルが返ってくるものの、SizeOfResourceすると0が返ってきて、GetLastErrorの結果はERROR_INVALID_HANDLEになっていました。
ここでエラーになる原因が良く分からないので、今度はWindows版でメールボックスディレクトリを作成し、それを使って試してみました。すると今度はウィンドウが表示されません。リモートスパイで見てみると一通りウィンドウは作られているのですが表示されていないようです。
とりあえず、wm6stdとwm6proというターゲットを追加して、trunkにコミットしておきました。