以前書いたように、CLOSEの代わりにEXPUNGEを明示的に発行して削除済みメッセージをローカルのメッセージリストから削除するようにしたために、自動振り分けで削除マークが付いたメッセージがすぐに破棄されなくなっていました。
この問題を解決するため、同期用のセッションを自動振り分けでも使うように変更しました。これで、自動振り分けで削除マークを付けたメッセージが、EXPUNGEしたときに確実に破棄されるようになりました。