mamkさんのツッコミにあるようにインデックスの修復機能があると良いですね。一メッセージ一ファイルなら修復するのも楽ですね。
IMAP4やNNTPの場合には修復してもしょうがないと思いますので、この辺の処理は少し考える必要がありそうです。
とりあえず、BTS:390に登録しました。