そこそこ動いているらしいのでひとまず安心です。まったく動いていないんじゃないかという不安もあったので。とか言っているそばからBTS:451なんかが見つかったりするのですが^^;。
確かに正しく動いているのを確認するのは難しいですね。見つかるはずのものが見つからないとか、その逆が発生したら教えていただければと思います。
デフォルトではCHARSETパラメータを送らない設定になっていたのですが、送る設定をデフォルトにしました。既に使われている場合には、.accountのImap4/SearchUseCharsetが0になっている場合には1にした方が良いかもしれません。一部のサーバだと逆にうまく動かなくなる可能性もあるのですが、最近のサーバなら付けた方がうまくいく可能性が高そうです。
親フォルダを開いたときに、子フォルダも含めて全てのメッセージを表示したい場面があるかもしれません。検索フォルダを使うと似たようなことが出来ます。
まず、例えばparentという名前で検索フォルダを作成します。検索条件は空にしておきます。そしてそのフォルダの子フォルダとして普通のフォルダを必要な数だけ作成します。そして、parentフォルダの検索のプロパティを開いて、Driverを"macro"に、Conditionを"@True()"に、Target Folderを自分自身にして、Recursiveにチェックを入れます。そうすると、parentフォルダを選択すると、全ての子フォルダの中に含まれているメッセージがまとめて表示できます。
parentフォルダ自体にはメッセージを入れられないのが難点ですが、使いようによっては結構便利かもしれません。
最後のネタに付いてですが，IMAP なフォルダでもいけるんでしょうか？ もしそれも OK なら，シンボリックリンクフォルダ的なものが作れると面白いと感じました． それがあれば，いろんな観点でフォルダを纏めることが出来てかなり便利そう． なんかメールを超えてる気もしますが(^^ゞ，でも，もはやメールも一つの資産なので，こんな利用方法も「アリ」なのではと思います．
サーバ上のフォルダの下に検索フォルダを作ったりするのは普通に出来ます。検索フォルダの下にサーバ上のフォルダを置きたい場合には、普通にサーバ上にフォルダを作成してからfolders.xmlを編集して検索フォルダに書き換えてしまうという手が使えます。