覚書です。
NSISのx64サポートが入ったのでx64版もインストーラを作ってみました。$PROGRAMFILESの代わりに$PROGRAMFILES64を使い、SetRegView 64してレジストリのリダイレクトを無効にしてやってうまくいきました。
SetRegView 64
C:\Windows\System32に書き込みたい場合には、x64.nshをincludeして、DisableX64FSRedirectionとEnableX64FSRedirectionを使ってファイルを書き込む部分でリダイレクトを一時的に無効にすれば良さそうです。